当前位置: 首页 > news >正文

Foldseek快速蛋白质结构比对

1. 下载和安装 Foldseek

如果只是单个蛋白质结构的序列比对,我们只需要用Foldseek 的网站服务 https://search.foldseek.com/search 上传我们的蛋白质结构并选择想要进行比对的数据库即可,这里不做重点讲解。做生物信息学研究,我们难免需要批量对多个目标蛋白进行大规模结构比对,这需要我们下载安装本地版软件。Foldseek 有Linux 和 MacOS 二个版本的本地软件 (这边墙裂建议还在用 windows 的小伙伴搞个 Linux 或者 mac,这样做生物信息才更得心应手)。主要的安装途径如下:

    # Linux AVX2 build (check using: cat /proc/cpuinfo | grep avx2)wget https://mmseqs.com/foldseek/foldseek-linux avx2.tar.gz; tar xvzf foldseek-linux-avx2.tar.gz; export PATH=$(pwd)/foldseek/bin/:$PATH# Linux SSE2 build (check using: cat /proc/cpuinfo | grep sse2)wget https://mmseqs.com/foldseek/foldseek-linux-sse2.tar.gz; tar xvzf foldseek-linux-sse2.tar.gz; export PATH=$(pwd)/foldseek/bin/:$PATH# Linux ARM64 buildwget https://mmseqs.com/foldseek/foldseek-linux-arm64.tar.gz; tar xvzf foldseek-linux-arm64.tar.gz; export PATH=$(pwd)/foldseek/bin/:$PATH# MacOSwget https://mmseqs.com/foldseek/foldseek-osx-universal.tar.gz; tar xvzf foldseek-osx-universal.tar.gz; export PATH=$(pwd)/foldseek/bin/:$PATH# Conda installer (Linux and macOS)conda install -c conda-forge -c bioconda foldseek

    下载完了软件之后,并不需要特别的安装,只需要把 ./foldseek/bin 添加到工作路径就可以直接调用 foldseek.

    http://www.dtcms.com/a/100539.html

    相关文章:

  • 计算机组成原理笔记(八)——2.4十进制和数串的表示
  • D4RL库的安装历程及成功经验
  • Golang并发编程:Data Race检测与解决方案
  • Qt非阻塞延时实现
  • 基于 GEE 的区域降水数据可视化:从数据处理到等值线绘制
  • java连接opcua
  • 关于单片机IAP升级的那点事儿|智能设置中断向量表
  • PyTorch单机多卡训练(DataParallel)
  • 人工智能通识速览一(神经网络)(编辑中)
  • mysql中将外部文本导入表中过程出现的错误及解决方法
  • VITA 模型解读,实时交互式多模态大模型的 pioneering 之作
  • 【Flutter学习(1)】Dart访问控制
  • 【微机及接口技术】- 第三章 8086 汇编语言程序设计(汇编指令与汇编程序设计)下
  • iptables学习记录
  • Java基础-23-静态变量与静态方法的使用场景
  • 2025年3月29日笔记
  • 漏洞挖掘---顺景ERP-GetFile任意文件读取漏洞
  • PyTorch DDP流程和SyncBN、ShuffleBN
  • 利用 PCI-Express 交换机实现面向未来的推理服务器
  • 消费品行业创新创业中品类创新与数字化工具的融合:以开源 AI 智能客服、AI 智能名片及 S2B2C 商城小程序为例
  • IDApro直接 debug STM32 MCU
  • NVIDIA TensorRT 10 [TAR]安装教程
  • 【leetcode100】有效的括号
  • Linux系统:进程状态与僵尸、孤儿进程
  • Day 26:哈希 + 双指针
  • 『Linux』 第十一章 线程同步与互斥
  • 零基础上手Python数据分析 (10):DataFrame 数据索引与选取
  • 滤波---概览
  • [Lc5_dfs+floodfill] 简介 | 图像渲染 | 岛屿数量
  • tomcat部署项目打开是404?