AF3 nonensembled_transform_fns函数解读

AlphaFold3 input_pipeline 模块 nonensembled_transform_fns 函数执行非集成（non-ensembled）的数据变换操作，用于 AlphaFold3 输入数据预处理，主要负责：

1. 转换输入特征（如 MSA, templates, 序列 mask）。

2. 生成骨架特征（backbone frames, torsion angles）。

3. 处理结构信息（如原子坐标转换）。

源代码：

def nonensembled_transform_fns(common_cfg, mode_cfg):
    """Input pipeline data transformers that are not ensembled."""
    transforms = [
        data_transforms.cast_to_64bit_ints,
        data_transforms.correct_msa_restypes,
        data_transforms.squeeze_features,
        data_transforms.randomly_replace_msa_with_unknown(0.0),
        data_transforms.make_seq_mask,
        data_transforms.make_msa_mask,
        data_transforms.make_hhblits_profile,
    ]
    if common_cfg.use_templates:
        transforms.extend(
            [
                data_transforms.fix_templates_aatype,
                data_transforms.make_template_mask,
                data_transforms.make_pseudo_beta("template_"),
            ]
        )
        if common_cfg.use_template_torsion_angles:
            transforms.extend(
                [
                    data_transforms.atom37_to_torsion_angles("template_"),
                ]
            )

    transforms.extend(
        [
            data_transforms.make_atom14_masks,
        ]
    )

    if mode_cfg.supervised:
        transforms.extend(
            [
                data_transforms.make_atom14_posit