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读书笔记：《生物信息学与功能基因组学》第十章（第四部分）
标题：多序列比对的实际操作与案例分析
实际操作案例
- ClustalW和ClustalX：介绍了如何使用ClustalW进行网络多重比对，以及ClustalX的视窗界面操作。通过FASTA格式提交序列，使用“DoCompleteAlignment”命令产生多重比对，并可进一步手工编辑。
- PileUp (GCG)：使用GCG包中的PileUp程序进行多重比对，允许调整空白罚分和延伸罚分，以及改变序列排列顺序。
多序列比对软件概览
- Dialign：适用于局部比对。
- MultAlin：位于法国Toulouse的INRA。
- Multiple Sequence Alignment version 2.0：位于GeneStream服务器。
- Musca：IBM的生物信息学小组开发。
- T-COFFEE：处理远缘蛋白时比ClustalW稍慢。
多重比对算法评估
- BAliBASE：作为参考比对数据库，用于评估多重比对程序的准确性。
- 序列一致性：当序列一致性低于25%时，比对准确度显著下降。
多重比对中的错误
- 假阴性：忽略了真正的同源序列。
- 假阳性：错误地加入了不可靠的家族成员。
- 比对错误：无法正确匹配远缘成员或不恰当地加入空白。
网络资源
- 提供了多个网络工具和数据库，如AMAS、CINEMA、DIALIGN、Match-Box Web、MultAlin等，用于多序列比对分析。
结论
多序列比对是生物信息学中的一个关键技术，它允许研究者探索蛋白质家族的进化关系和功能特性。通过使用不同的软件和数据库，研究者可以对蛋白质序列进行精确的比对和分析。了解这些工具的优缺点，以及如何根据特定需求选择适当的比对策略，对于有效地进行多序列比对至关重要。
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