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在 PyMOL 中，对齐（Alignment）是一项核心功能，主要用于比较和叠加不同的分子结构。这对于研究蛋白质的构象变化、序列同源性以及进行结构比对非常重要。以下是 PyMOL 中常用的几种对齐方法及其特点、适用场景和示例：

1. align 命令

功能：基于序列同源性自动对齐两个分子的原子坐标。
特点：

• 适用于序列相似性较高的结构（通常 >30% 序列 identity）。
• 自动寻找最佳匹配的原子对，支持部分结构对齐。
• 返回 RMSD（均方根偏差）作为结构相似性的指标。

示例：

# 加载两个结构
cmd.load("ref.pdb", "reference")
cmd.load("mobile.pdb", "mobile")# 将 mobile 对齐到 reference
cmd.align("mobile", "reference")

参数：

• cycles=5：迭代优化次数。
• transform=1：是否应用变换（若为 0 则只计算 RMSD）。
• object=aln：创建对齐对象（用于可视化对齐区域）。

注：

cmd.a