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摇摆配对(Wobble Hypothesis)是指在mRNA分子与tRNA分子配对过程中，两个核苷酸之间的配对不遵循经典的沃森-克里克配对规则。这种非典型配对在tRNA的反密码子与mRNA的密码子之间的识别中起着关键作用，使得有限数量的tRNA能够识别多个密码子，从而提高翻译效率并节省细胞资源。简单来说，由于空间结构的限制，前两个碱基的配对是“严格”的，而第三个碱基的配对是“宽松”的。
摇摆配对的非标准规则：
| 反密码子第1位碱基 | 可配对的密码子第3位碱基 |
|---|---|
| G | U 或 C |
| U | A 或 G |
| C | G |
| A | U |
| I (次黄嘌呤) | A, U 或 C |
或者说当密码子第三位为A时可以看成G(G也可以看成A)，密码子第三位为U时可以看成C(U也可以看成C)
可以看到绝大多数密码子经过摇摆后，表达的氨基酸不变，除了AUG（起始密码子）和UGG（终止密码子），这应该有其他机制来调控他。虽然这些密码子可以编码相同的氨基酸，但它们对应的tRNA是不同的，在细胞中的数量和转录速度也存在差异。同时，笔者感觉像那种只对应两种密码子的氨基酸，同义突变的意义就不大了，因为摇摆配对的发生概率非常高。但尽管如此，在结合过程中由于本身结构的原因，可能摇摆配对的本身结合速率也会受到影响，从而导致同义突变的差异。