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自动化识别蛋白-配体氢键的完整流程（含Obabel和VMD批处理）

氢键是蛋白与配体（如糖分子）分子识别中的关键作用力之一。随着结构数据库的迅速扩展，如何自动化、批量地识别蛋白-配体间的氢键成为结构生物信息学的重要课题。本文详细介绍如何基于 Python、MDAnalysis、Open Babel 和 VMD，实现高效的蛋白-配体氢键识别与批量分析。

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分析流程简介

自动化蛋白-配体氢键识别主要包括以下步骤：

1. 加载PDB结构，识别所有配体分子与蛋白残基。
2. 为结构添加氢原子（通常原始PDB文件不含氢），确保氢键识别准确。
3. 筛选配体周围4Å内的蛋白残基，缩小氢键识别范围，提高效率。
4. 利用VMD命令行脚本自动分析氢键，批量输出结果。
5. 结果结构化保存，便于后续统计分析。

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工具与环境准备

本方案依赖以下工具：

• Pythonÿ