保定网站推广公司wordpress 推送公众号
问题分析
当我分析多个样本的时候，而我的seurat又是v5时，通常就会出现这样的报错。
错误的原因有两个：
一个是参数名有slot变成layer
一个是GetAssayData 不是自动合并多个layers，而是选择保留。
那么如果我们想合并多个样本，并提取计数矩阵咋办呢？
解决办法：
我是使用这个进行两个seurat合并
sce.big <- merge(sceList[[1]],y = c(sceList[[2]]),add.cell.ids = samples,project = "Rn")
但是虽然两个seurat合并了，但layer没有合并
为了方便后面的分析，核心解决办法是这个
# 使用 JoinLayers 函数合并多个图层
sce.big <- JoinLayers(sce.big)
# 使用 LayerData 函数提取合并后的计数数据
c <- LayerData(sce.big, assay = "RNA", layer = "counts")
亲测有效！
提供个链接给大家参考：
https://github.com/satijalab/seurat/issues/7985#issuecomment-1806483174