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对鸢尾花数据集进行处理，特征可视化，贝叶斯优化随机森林，Shap解释

完整代码：

import numpy as np
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
from sklearn import datasets
from sklearn.metrics import classification_report,confusion_matrix
from sklearn.model_selection import train_test_split
import seaborn as sns   #基于matplotlib的高级绘图库，能绘制更美观的统计图形。
import warnings
warnings.filterwarnings("ignore")# 设置中文字体（解决中文显示问题）
plt.rcParams['font.sans-serif'] = ['SimHei']  # Windows系统常用黑体字体
plt.rcParams['axes.unicode_minus'] = False    # 正常显示负号iris = datasets.load_iris()  # 加载鸢尾花数据集
# 将iris数据集转换为DataFrame
data = pd.DataFrame(data=np.c_[iris['data'], iris['target']],columns=iris['feature_names'] + ['target'])# 查看前5行数据
print(data.head())# 数据准备
X = data.drop('target', axis=1)
y = data['target']
X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, test_size=0.2, random_state=42)# 贝叶斯优化随机森林
from skopt import BayesSearchCV
from skopt.space import Integer
from sklearn.ensemble import RandomForestClassifier# 定义搜索空间
search_space = {'n_estimators': Integer(50, 200),'max_depth': Integer(5, 30),'min_samples_split': Integer(2, 10),'min_samples_leaf': Integer(1, 4)
}# 初始化贝叶斯优化
bayes_search = BayesSearchCV(estimator=RandomForestClassifier(random_state=42),search_spaces=search_space,n_iter=50,cv=5,scoring='accuracy',n_jobs=-1
)# 执行优化
bayes_search.fit(X_train, y_train)# 评估结果
best_model = bayes_search.best_estimator_
y_pred = best_model.predict(X_test)print("\n最佳参数:", bayes_search.best_params_)
print("\n分类报告:")
print(classification_report(y_test, y_pred))
print("混淆矩阵:")
print(confusion_matrix(y_test, y_pred))# 绘制前六个特征的箱形图
plt.figure(figsize=(15, 10))
features = data.columns[:6]  # 获取前六个特征名for i, feature in enumerate(features):plt.subplot(2, 3, i+1)  # 2行3列布局sns.boxplot(data=data, y=feature)plt.title(f'{feature} 箱形图')plt.tight_layout()  # 自动调整子图间距
plt.show()# 绘制特征相关性热力图
plt.figure(figsize=(10, 8))
corr = data.corr()
sns.heatmap(corr, annot=True, cmap='coolwarm', center=0)
plt.title('特征相关性热力图')
plt.tight_layout()
plt.show()# SHAP模型解释
import shap# 初始化解释器
explainer = shap.TreeExplainer(best_model)# 计算SHAP值
shap_values = explainer.shap_values(X_test)# 特征重要条形图
plt.figure(figsize=(10, 6))
shap.summary_plot(shap_values, X_test, plot_type="bar", show=False)
plt.title("特征重要性条形图")
plt.tight_layout()
plt.show()# 蜂巢图
plt.figure(figsize=(10, 6))
shap.summary_plot(shap_values, X_test, show=False)
plt.title("特征影响蜂巢图")
plt.tight_layout()
plt.show()

这段代码是一个完整的机器学习流程，包括数据加载、预处理、模型训练（使用贝叶斯优化的随机森林）、模型评估、结果可视化（箱形图、热力图、SHAP解释）等步骤。以下是对代码的详细解释：

1. 导入必要的库

import numpy as np
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
from sklearn import datasets
from sklearn.metrics import classification_report, confusion_matrix
from sklearn.model_selection import train_test_split
import seaborn as sns  # 基于matplotlib的高级绘图库
import warnings
warnings.filterwarnings("ignore")

• numpy：用于数学运算。
• pandas：用于数据处理和分析。
• matplotlib.pyplot：用于绘图。
• sklearn.datasets：用于加载数据集。
• sklearn.metrics：用于评估模型性能。
• sklearn.model_selection：用于数据分割。
• seaborn：用于绘制更美观的统计图形。
• warnings：用于忽略警告信息。

2. 设置中文字体

plt.rcParams['font.sans-serif'] = ['SimHei']  # Windows系统常用黑体字体
plt.rcParams['axes.unicode_minus'] = False    # 正常显示负号

• 设置Matplotlib的字体为黑体，以确保中文可以正常显示。
• 确保负号可以正常显示。

3. 加载数据集

iris = datasets.load_iris()  # 加载鸢尾花数据集
data = pd.DataFrame(data=np.c_[iris['data'], iris['target']],columns=iris['feature_names'] + ['target'])

• 使用sklearn.datasets加载鸢尾花数据集。
• 将数据集转换为pandas.DataFrame，方便后续操作。

4. 查看数据

print(data.head())

• 打印数据集的前5行，查看数据结构。

5. 数据准备

X = data.drop('target', axis=1)
y = data['target']
X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, test_size=0.2, random_state=42)

• 将特征和目标变量分开。
• 使用train_test_split将数据集分为训练集和测试集，测试集占20%。

6. 贝叶斯优化随机森林

from skopt import BayesSearchCV
from skopt.space import Integer
from sklearn.ensemble import RandomForestClassifiersearch_space = {'n_estimators': Integer(50, 200),'max_depth': Integer(5, 30),'min_samples_split': Integer(2, 10),'min_samples_leaf': Integer(1, 4)
}bayes_search = BayesSearchCV(estimator=RandomForestClassifier(random_state=42),search_spaces=search_space,n_iter=50,cv=5,scoring='accuracy',n_jobs=-1
)bayes_search.fit(X_train, y_train)

• 使用BayesSearchCV进行贝叶斯优化，优化随机森林的超参数。
• 定义搜索空间，包括n_estimators（树的数量）、max_depth（树的最大深度）、min_samples_split（分裂内部节点所需的最小样本数）、min_samples_leaf（叶节点最小样本数）。
• 设置优化的迭代次数为50，交叉验证为5折，评分标准为准确率，使用所有可用的CPU核心。

7. 评估结果

best_model = bayes_search.best_estimator_
y_pred = best_model.predict(X_test)print("\n最佳参数:", bayes_search.best_params_)
print("\n分类报告:")
print(classification_report(y_test, y_pred))
print("混淆矩阵:")
print(confusion_matrix(y_test, y_pred))

• 使用最佳模型对测试集进行预测。
• 打印最佳参数、分类报告和混淆矩阵，评估模型性能。

8. 绘制箱形图

plt.figure(figsize=(15, 10))
features = data.columns[:6]  # 获取前六个特征名for i, feature in enumerate(features):plt.subplot(2, 3, i+1)  # 2行3列布局sns.boxplot(data=data, y=feature)plt.title(f'{feature} 箱形图')plt.tight_layout()
plt.show()

• 绘制前六个特征的箱形图，查看数据的分布情况。

9. 绘制特征相关性热力图

plt.figure(figsize=(10, 8))
corr = data.corr()
sns.heatmap(corr, annot=True, cmap='coolwarm', center=0)
plt.title('特征相关性热力图')
plt.tight_layout()
plt.show()

• 计算特征之间的相关性，并绘制热力图，查看特征之间的相关性。

10. SHAP模型解释

import shapexplainer = shap.TreeExplainer(best_model)
shap_values = explainer.shap_values(X_test)plt.figure(figsize=(10, 6))
shap.summary_plot(shap_values, X_test, plot_type="bar", show=False)
plt.title("特征重要性条形图")
plt.tight_layout()
plt.show()plt.figure(figsize=(10, 6))
shap.summary_plot(shap_values, X_test, show=False)
plt.title("特征影响蜂巢图")
plt.tight_layout()
plt.show()

• 使用SHAP（SHapley Additive exPlanations）对模型进行解释。
• 计算SHAP值，绘制特征重要性条形图和特征影响蜂巢图，直观展示特征对模型预测的影响。

总结

这段代码完整地展示了从数据加载、预处理、模型训练、优化、评估到结果可视化的流程。通过贝叶斯优化提升了随机森林的性能，并通过SHAP解释了模型的预测结果，使整个机器学习过程更加透明和可解释。
@浙大疏锦行