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今天遇到一个特殊的影像，扫描被试的头颅被很多干扰阴影快给遮盖住了，3D 建模出来的头颅有很多干扰，非常影响处理和视觉体验，正好解锁一个3D slicer 的功能吧。
背景：有一个被试数据头顶有很多干扰，直接覆盖在头颅核磁影像上非常影响处理和视觉效果
目标：去掉原始数据中的干扰，得到干净的图像。
如下图，头骨周边被很多阴影块覆盖了（预估扫描时没有排除干扰），我想重新得到干净只有头颅的核磁影像。

步骤：
（1）进入 segment Editor->Add->Threshold->apply->show 3D ->剪刀


如上图，红色框框为阈值调节的方法，上面的是手动阈值，下面红框是自动阈值，我选择的是自动阈值方法。
阈值调节完，就可以Apply，表示把阈值应用到segment_1上，就可以得到如下图的选中，可以看出头颅和大脑都选上了。
注意：如果没选上大脑和头颅，说明低阈值太大了，可以拖动阈值拨杆调节必须要把有效的体素都选中才算可以。

接着需要查看选中的层的3D效果，就是show 3D，可以在3D窗中看到3D 影像。
还是有很多杂乱的东西包裹着头颅，此时就需要剪刀工具了。
这个剪刀工具很神器，只能在3D 视图中操作，而且做的是立体裁剪，我们需要小心谨慎地用剪刀裁剪掉头颅周边的杂快，可以多做几次，改变视角和方向直到把杂块都剪干净，要是不小心操作错了就得灵活运用 “撤销” 功能，然后继续，直到剪干净。
如下图可以看到修剪前后的变化。


（2）将修剪干净的segment 保存为labelmap


会发现在 Data模块 下多了一个label 文件，请记住文件的名字，这个文件会是生成干净有效数据的模板。

（3）搜索进入 mask scalar volume 模块处理得到干净的影像

按照如下设置参数，masked volume 是输出体素文件，也是我希望输出的。
设置后，点击Apply, 等待一会儿就会生成目标。

（4）查看输出
可以看出我的输出影像很干净了，没有头顶杂块，3D 模型也很干净，意味着我的杂块已经顺利去除了。

（5）关于核磁影像的“挖脸”脱敏
根据如上这个步骤来，我觉得脱敏挖掉人脸同理。我们在segment Editor 步骤时，用Erase擦除鼻根到嘴巴那一块，逐层滚动操作，就可以得到没有脸的label，后用作mask 做mask scalar volume 处理，那就可以得到挖脸脱敏图像了。
不得不感叹，3D slicer 好神奇呀~