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UCSF ChimeraX 是一款由美国加州大学旧金山分校（UCSF）开发的下一代分子可视化软件，是经典的 UCSF Chimera 的继任者。它集成了强大的分子结构可视化、分析、建模和动画功能，广泛应用于结构生物学、药物设计、分子建模等领域。
1. 下载安装：
Download UCSF ChimeraX
2. 常用的commands 命令
文件操作
| 功能 | 命令示例 |
|---|---|
| 打开结构文件（本地） | open ~/protein.pdb |
| 打开 PDB 数据库结构 | open 1ubq |
| 关闭全部结构 | close all |
| 保存结构文件 | save ~/output.pdb format pdb |
| 保存图像（高分辨） | save ~/image.png supersample 3 dpi 300 |
| 保存会话 | save project.cxs |
| 查看模型编号 | info models |
结构选择
通用结构：
#modelID/chainID:residueRange@atom
| 功能 | 命令 |
|---|---|
| 选择第 51 号残基（链 A） | select #1/A:51 |
| 选择 A 链所有残基 | select #1/A |
| 选择残基 10 到 20 | select #1/B:10-20 |
| 选择某原子（CA） |