当前位置: 首页 > wzjs >正文

可以做词云的网站微信搜索seo优化

可以做词云的网站,微信搜索seo优化,做网站宝安,互联网招商使用 MEME Suite 的在线工具预测蛋白质氨基酸序列的保守基序(motif)可分为以下步骤: 1. 数据准备 输入格式: 支持 FASTA 格式的氨基酸序列(如 >Protein1\nMSTVDE...)。 确保序列无非法字符&#xff…

使用 MEME Suite 的在线工具预测蛋白质氨基酸序列的保守基序(motif)可分为以下步骤:

 1. 数据准备

 输入格式:  

   支持 FASTA 格式的氨基酸序列(如 `>Protein1\nMSTVDE...`)。  

   确保序列无非法字符(如空格、数字),仅包含标准氨基酸缩写(AZ)。  

 序列要求:  

   建议提交 5~1000条 序列,单条序列长度建议 ≥6 aa。  

   若序列数量过多(>100),可先通过聚类减少冗余。  

 2. 访问MEME在线工具

 打开 MEME 官网:[MEME Suite](https://memesuite.org/meme/tools/meme)  

 

点击 Submit a Job → 选择 MEME 工具。  运行界面如下,可以填写邮箱(结果发送指定的邮箱)

 3. 参数设置

 核心参数(必填):

 Motif数量(Number of motifs):  

   默认 3,可根据需求调整(如 5~10)。  

 Motif宽度(Width):  

   设置基序的最小/最大长度(如 6~50 aa)。  

   默认 `Minimum=6`,`Maximum=50`。  

 输出模式(Output mode):  

   选择 `Any number of repetitions`(默认)或 `Zero or one per sequence`。  

 高级参数(可选):

 统计模型(Statistical model):  

   默认 `zoops`(每个序列出现零次或一次基序),适合多数情况。  

   其他选项:`oops`(每个序列必须包含一个基序),`anr`(允许重复)。  

 背景模型(Background model):  

   默认使用输入序列的氨基酸频率,或选择 `Uniform`(均等分布)。  

 4. 提交任务

1. 上传FASTA文件或直接粘贴序列。  

2. 输入任务名称(可选)和邮箱(接收结果链接)。  

3. 点击 Start Search 提交。  

 5. 结果解读

 主要输出文件:

 MEME.html:可视化报告,包含以下关键信息:  

   保守基序(Motifs):以序列标志图(Sequence Logo)展示,显示每个位点的氨基酸保守性。  

   Evalue:评估基序显著性(值越小越显著,通常 <0.05)。  

   匹配序列:列出包含该基序的序列及位置。  

 示例结果:

```

MOTIF 1: Width=12, Sites=20, Evalue=1.2e10  

Sequence Logo: [LVI]  [DE]  [GAS]  ...  

匹配序列: Protein1(1223), Protein2(4556)...  

```

 6. 下游分析

 比对验证:  

   使用 MAST 工具(MEME Suite)在数据库(如 UniProt)中搜索匹配的已知基序。  

 功能预测:  

   结合 InterPro 或 Pfam 注释基序功能(如激酶结构域、锌指等)。  

 可视化优化:  

   使用 Togo 或 WebLogo 美化序列标志图。  

 注意事项

1. 运行时间:  

    短序列(<50 aa)通常需 1~5 分钟,长序列(>1000 aa)可能需要数小时。  

2. 失败处理:  

    若报错 `No motifs found`,尝试放宽宽度范围或增加序列数量。  

3. 数据安全:  

    敏感数据建议使用本地版 MEME Suite(需Linux环境)。  

通过以上步骤,可系统性地预测蛋白质序列中的保守功能基序。如需进一步分析(如多序列比对共定位),可结合 Tomtom 工具比对已知基序数据库(如 JASPAR)。

http://www.dtcms.com/wzjs/484439.html

相关文章:

  • 网页界面设计宽度和安全区seo实战密码电子版
  • 苏州网站建设熊掌小说排行榜2020前十名
  • 基于jsp网站开发参考文献seo关键词排名优化工具
  • 怎么做优化网站排名seo搜索引擎优化到底是什么
  • 网站建设论文3000字安卓嗅探app视频真实地址
  • 企业网站四大类型seo优化神器
  • 怎么用网站做类似微博企业内训课程
  • 南宁网站建设推广交换神器
  • 南宁新技术产业建设开发总公司网站seo建站网络公司
  • 网站规划问题福州百度开户多少钱
  • 单位门户网站建设方案十大搜索引擎
  • 如何降低网站跳出率b站推广网站入口2023是什么
  • 廉政网站管理制度建设怎么优化网络
  • 合肥有哪些做网站的公司河南百度推广公司
  • 企业建设网站公司有哪些怎样建立一个网络销售平台
  • 陕西广告公司网站建设电商网站建设公司哪家好
  • wordpress api下载文件贵州萝岗seo整站优化
  • 网站内容被攻击该怎么做宁波正规seo推广
  • 代运营网站专业网站优化推广
  • 云信网站建设黄页网络的推广网站有哪些软件
  • wordpress全站转移免费b2b网站推广
  • 监控摄像头做直播网站免费seo快速收录工具
  • 青岛企业建设网站公司济南网站seo优化
  • 网站title怎么修改百度信息流推广技巧
  • 兰州关键词排名公司旺道智能seo系统
  • 网页设计图片轮播效果郑州seo优化外包顾问
  • 稷山做网站张家港seo建站
  • wordpress短代码参数值带百度关键词优化多少钱一年
  • 没有照片怎么做网站站长工具搜索
  • 传业做微采商城网站百度官网认证免费