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文章目录
- 介绍
- 加载R包
- 数据下载
- 导入数据
- 数据预处理
- 画图1
- 画图2
- 画图3
- 画图4
- 输出图片
- 总结
- 系统信息
介绍
一个用于分析和可视化博茨瓦纳婴儿微生物组研究（Botswana Infant Microbiome Study）中呼吸道病毒和细菌数据的R脚本。代码的主要目的是生成论文中的Figure 1，包括三个子图（a、b、c），并保存相关的数据和图表。
代码结构和功能
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初始化和数据加载
- 清除环境变量并设置随机种子，确保结果的可重复性。
- 加载必要的R包，包括
phyloseq、tidyverse、ggplot2等，用于数据处理和可视化。 - 定义颜色主题，使用
wesanderson和RColorBrewer包生成颜色调色板，用于图表的美观。
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数据预处理
- 从CSV和RDS文件中加载元数据和