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hicFindTADs生成的domains.bed文件记录了鉴定出的TAD（拓扑关联结构域）的基因组位置信息。根据上下文，该文件遵循标准BED格式规范，但列的具体含义需结合hicFindTADs的输出说明解析如下：

各列解析
chrom（染色体名称）

描述：TAD所在的染色体或scaffold名称（如chr1、chrX等）

示例：chr1

格式要求：与输入Hi-C矩阵的染色体命名一致。
chromStart（起始位置）

描述：TAD的起始坐标（0-based），即染色体上第一个碱基的位置为0

示例：5000000

注意：该位置是基因组浏览器兼容的坐标系统。
chromEnd（结束位置）

描述：TAD的结束坐标（1-based），实际覆盖的碱基范围为[chromStart, chromEnd)

示例：6000000

说明：例如chromStart=5000000, chromEnd=6000000表示TAD覆盖5,000,000至5,999,999的碱基。
name（名称，可选）

描述：TAD的标识符，通常由工具自动生成或通过参数指定

示例：TAD_1

注意：此列可能包含TAD的唯一ID或其他注释信息。
score（得分，可选）

描述：TAD的置信度或显著性得分（0-1000分）

示例：750

说明：高分表示更强的TAD边界信号，可能与TAD-separation score或统计显著性相关。
strand（链方向，通常为空）

描述：TAD的链方向（由于TAD是双向结构，此列通常不适用）

示例：.或留空。

附加信息
文件生成逻辑：

domains.bed中的每一行代表一个非重叠的TAD区域，其边界由hicFindTADs通过计算TAD-separation score和统计显著性（如FDR校正）确定。
参数影响：

若启用了–thresholdComparisons或–delta等参数，可能通过附加列记录p值、q值或delta值，具体需参考输出文件的实际列数。
可视化建议：

可结合hicPlotTADs或基因组浏览器（如UCSC Genome Browser）直接加载该BED文件，观察TAD在基因组上的分布。

示例文件内容

chr1 5000000 6000000 TAD_1 750 .
chr1 8000000 9500000 TAD_2 680 .

此示例表示染色体1上有两个TAD，分别位于5,000,000-6,000,000和8,000,000-9,500,000区间，得分分别为750和680。

如需进一步操作（如合并、筛选或统计TAD长度），可结合bedtools工具链。