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前记

GFF3文件是一种常用的基因组注释文件格式，用于描述生物基因组的结构和功能元素。GFF3是“General Feature Format Version 3”的缩写，它由一系列字段组成，每个字段描述基因组中的特定特征，如基因、转录本、外显子等。这些字段包括：序列名称、特征类型、起始位置、终止位置、分数、方向、相位、分组以及属性信息等。

GFF3文件通常用于存储和交换生物信息学数据，在生物信息学研究中广泛应用于基因组注释、基因组比较和功能预测等领域。可以使用生物信息学工具和软件解析和处理GFF3文件，并从中提取所需的生物信息数据。

在GWAS分析过程中，我们得到了显著的SNP位点后，需要快速得到位点附近的基因，这时候就需要基因组的所有基因的物理位置，便于进行提取。

本文以玉米的V5版本的GFF3文件为例，进行基因物理位置信息的提取。        

一、GFF3文件的获取

玉米为例，可以在maizeGDB官网下载，其他物种可以在EnsemblePlants等网站下载。 

MaizeGDB Reference Assembly Information