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SwissDock是一款自2010年推出的免费分子对接网络服务，基于EADock DSS算法开发，用于预测靶标蛋白与小分子之间的相互作用。该平台致力于降低分子对接软件的使用门槛，使这一技术不仅限于传统的分子建模领域，还能惠及更广泛的研究人员，包括药物化学、生物医学等领域的非计算专家。

SwissDock提供用户友好的在线界面，支持快速上传蛋白和小分子结构，自动完成对接计算，并可视化分析结果。其提供了两种对接算法的切换，分别是Attracting Cavities以及Autodock Vina。前者后起之秀，后者经典老古董。

使用流程

1. 两种对接算法任你选择

 

2. 准备配体

Swiss dock支持多种配体输入方式：
①输入配体分子的SMILE式；
②上传分子的mol2格式文件；
③在线绘制分子结构式

 

3. 准备受体

 

4. 调整对接口袋位置和大小

 

你还可以通过点击蛋白交互视图中的残基而定义口袋的几何中心。

5. 检查参数

点击红色按键检查参数

 

6. 提交运行

由于运行时间可能很长，建议留个自己的邮箱，等运行结束会邮件告知你。

 

7. 结果页面

你可以通过点击下方的表格中的对接构象来查看视图中的配体结合pose

 

视图下方的一行按键可以调控显示相互作用的类型：

 

点击右上角小图标保存结果到本地：