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单基因高低表达分组差异和相关性排序关联基因的GSEA富集分析教程
概念介绍
单基因GSEA富集分析的本质是以目标基因的表达模式或相关性与样本分组或基因排序关联，从而筛选出与该基因协同变化的基因集，并通过富集分析揭示其潜在生物学功能。分组方法有两种，一种是定性分组，一种是定量相关。例如：
- 分组依据：将样本按目标基因的表达量高低分为两组（如高表达组 vs 低表达组），再通过GSEA分析两组间的基因集差异。
- 相关性排序：计算所有基因与目标基因的表达相关性（如Pearson相关系数），按相关性从高到低排序后分析基因集的富集趋势
1.按该基因高低表达分组的差异分析
1.1单基因的高低表达分组分析
按照某些特征的高低阈值对样本进行分组
该节教程:https://www.bilibili.com/video/BV1CZ421M75J/
软件分析界面
这里既可以做单基因的高低表达分组，也可以做多个基因的高低表达分组
分析结果
1.2 按照某个基因或特征的高低分组的差异分析
按照某个基因或特征的高低分组的差异分析
该节教程:https://www.bilibili.com/video/BV18E4m1R7Wp/
软件分析界面
这个差异分析模块也是可以做任意物种的差异分析，如果是人，func_org参数就填’human’, 如果不是人，就填不是’human’的任意其它物种名称就行。
因为edgeR差异分析建议，如果是人类的RNAseq数据，bcv生物变异度设置为0.4,如果是非人类的模式生物，bcv设置为0.1，在用edgeR做差异分析时，所有当输入的物种是human的时候，会自动把bcv生物变异度设置为0.4, 非human的时候，bcv会设置为0.1
分析结果
单个或多个基因跟其它所有基因的相关性分析
分析界面
分析结果
这个相关性文件已经比较类似差异分析的结果文件了，在做富集分析的时候可以把cor.r这个列名当做差异分析结果中的logFC，把cor.p当做差异分析结果中的p.val来做也是可以用相关性分析的结果来做富集分析的。
也可以拿这个相关性分析的结果文件来做GSEA富集分析，但需要注意的是，需要把cor.r的这一列的列名改成logFC这个名字来做。
GO和KEGG通路富集分析
差异分析结果文件的go和kegg通路富集分析
分析教程和结果解读的教学视频（分析前必看）
该节教程: https://www.bilibili.com/video/BV1Ff421X7Fj/
分析窗口
分析结果
结果文件列表
GO通路富集分析结果图
KEGG通路富集分析结果图
1.2 一组基因列表的go和kegg通路富集分析
该节教程: https://www.bilibili.com/video/BV1Zw4m1Y7WY/
1.3 分析像铁死亡等某些通路marker基因在go,kegg富集的哪些通路里
该节教程: https://www.bilibili.com/video/BV1CZ421H7u3/
1.4 可视化go和kegg富集到的指定的生物学过程和信号通路
该节教程:https://www.bilibili.com/video/BV1Tf421X7CA/
可视化出go和kegg富集结果中跟糖代谢有关的通路
可视化出go和kegg富集结果中跟脂代谢有关的通路
1.5 使用go和kegg导入指定通路数据集来富集指定的生物学通路
该节教程: https://www.bilibili.com/video/BV1KS411K7ma/
1.6 查看一组基因或某个通路的一组marker基因哪些有差异表达
该节教程:https://www.bilibili.com/video/BV1yw4m1i7pz/
从自噬通路marker所有marker基因中提取出有差异的一组基因列表
GSEA富集分析
2.0 各种通路基因集下载
可以从最常用的MSigDB数据库（https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/index.jsp)下载我们感兴趣的基因集
MSigDB中人类的通路基因集
2.1 GSEA富集分析
该节教程:https://www.bilibili.com/video/BV1XM4m1z7SJ/
2.2 将多个GSEA富集结果绘制在一张图中
该节教程:https://www.bilibili.com/video/BV1Rw4m1i7Ux/
GSVA/ssGSEA富集分析
GSVA/ssGSEA每个样本的富集分数计算
该节教程:https://www.bilibili.com/video/BVVM4m1672M/
GSVA/ssGSEA富集得分矩阵的可视化作图
GSVA/ssGSEA富集得分矩阵热图绘制展示
视频教程:https://www.bilibili.com/video/BV13m421g7wv/
GSVA/ssGSEA富集得分矩阵的批量差异分析
该节教程:https://www.bilibili.com/video/BV1Lw4m1q71T/
差异分析的箱式图作图
该节教程:https://www.bilibili.com/video/BV1oZ421M7sL/
GSVA/ssGSEA富集得分矩阵跟基因表达的相关性分析
可以做的科研服务清单
