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什么是conda:

Conda是一个跨平台的包管理工具和环境管理系统，支持Python、R、Java等多种语言。它能解决不同项目间的依赖冲突问题，例如：
项目A需要Python 3.6 + NumPy 1.18；
项目B需要Python 3.10 + NumPy 2.0。
通过创建独立环境，Conda可隔离不同版本的包和Python解释器。

安装conda:

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

安装后需在~/.bashrc中添加环境变量：export PATH=~/miniconda3/bin:$PATH

验证conda:

conda --version  # 查看版本
conda update conda  # 更新至最新版

环境管理

1. ​创建与激活环境
   ​创建环境：指定Python版本和初始包（可选）

conda create --name myenv python=3.8 numpy pandas

​激活环境：

conda activate myenv  # Windows/macOS/Linux
source activate myenv  # 部分Linux系统

激活后命令行前缀显示环境名（如(myenv)）。
2. ​环境操作
​查看所有环境：conda env list
​退出环境：conda deactivate
​删除环境：conda remove --name myenv --all
​克隆环境：conda create --name newenv --clone oldenv

包管理

1. ​安装与卸载
   ​安装包：conda install numpy
   ​指定版本：conda install numpy=1.21
   ​批量安装：conda install -f requirements.txt
   ​卸载包：conda remove numpy
2. ​镜像加速
   国内用户建议使用清华镜像源：

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --set show_channel_urls yes

查看当前镜像配置：conda config --show channels

进阶功能

1. ​导出与共享环境
   ​导出环境配置：conda env export > environment.yml
   ​复现环境：conda env create -f environment.yml
2. ​多语言支持
   ​安装R环境：

conda create -n r_env r=4.2.0
conda install -c conda-forge r-seurat
​Perl环境：conda install -c bioconda perl

3. ​IDE集成
   在PyCharm中切换Conda环境：
   File → Settings → Project → Python Interpreter → Add → Conda Environment，选择环境路径。

常见问题

​环境路径管理

默认路径在C盘？修改默认存储位置：

conda config --add envs_dirs "D:\Anaconda\envs"

查看路径列表：conda config --show envs_dirs。
​依赖冲突
优先使用conda install而非pip，Conda会自动解决依赖关系。

​权限问题
Linux下若无法创建环境，尝试以管理员权限运行终端。

常用命令速查

创建环境 conda create -n env_name python=3.9
激活环境 conda activate env_name
安装包 conda install package_name
导出环境配置 conda env export > env.yml
删除环境 conda remove -n env_name --all