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PyMOL 的命令行（也就是 PyMOL 命令）既能够在 Python 脚本里运用，也可以在 PyMOL 软件自身的命令输入框（PyMOL>）中直接输入。二者在具体使用时存在一些细微差别如下：

1. PyMOL 软件中的命令输入框（PyMOL>）

• 交互方式：这是一种即时交互的模式，你输入命令后能马上看到结果。
• 语法特点：可以使用完整的 Python 命令，也能使用简化的 PyMOL 命令。
• 示例：

  # 在 PyMOL> 输入框中直接输入
  load protein.pdb, my_protein     # 简化命令
  cmd.show("cartoon", "my_protein") # 完整 Python 命令
  

• 优点：操作简单便捷，适合进行探索性的可视化操作。
• 缺点：无法保存命令历史记录，难以实现自动化批量处理。

2. Python 脚本中的 PyMOL 命令

• 交互方式：需要先导入 pymol 包，然后通过 cmd 对象来调用命令。
• 语法特点：必须使用完整的 Python 语法，例如要添加括号、引号等。
• 示例：

  # 在 Python 脚本中使用
  impor