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1. 克隆 PyMOL 的 GitHub 仓库

首先，你需要从 GitHub 克隆 PyMOL 的源代码：

git clone https://github.com/schrodinger/pymol-open-source.git
cd pymol-open-source

2. 安装依赖项

PyMOL 依赖一些系统库和 Python 包，确保先安装它们：

conda create -n pymol_env python=3.9
conda activate pymol_env
sudo apt install g++
conda install pip
conda install -c conda-forge glew freeglut libpng freetype libxml2
pip install openvr
conda install conda-forge::pmw
conda install conda-forge::msgpack-c
conda install conda-forge::glm
conda install conda-forge::catch2
conda install conda-forge::libnetcdf
conda install -c conda-forge pyqt
conda install numpy
sudo apt install python3-dev
sudo apt install libmsgpack-dev
sudo apt install libglew-dev

如果这个依赖装不上就先别装

sudo apt install libmmtf-dev
(pymol_env) xxx@xxx-ubuntu22:~/xxx/pymol-open-source$ sudo apt install libmmtf-dev
正在读取软件包列表... 完成
正在分析软件包的依赖关系树... 完成
正在读取状态信息... 完成                 
E: 无法定位软件包 libmmtf-dev

这个包需要源码编译安装

git clone https://github.com/rcsb/mmtf-cpp.git
cd mmtf-cpp/
mkdir build && cd build
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local
make
sudo make install

3.安装

在pymol-open-source中运行

python setup.py install