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一、软件介绍

文末提供程序和源码下载

DIPLOMAT开源程序是基于深度学习的身份保留标记对象多动物跟踪（测试版）

Deep learning-based Identity Preserving Labeled-Object Multi-Animal Tracking.
基于深度学习的身份保留标记对象多动物跟踪。

NOTE: DIPLOMAT is currently early beta software, there may be minor bugs and usability issues.
注意：DIPLOMAT 目前是早期测试版软件，可能存在一些小错误和可用性问题。

二、About 大约

DIPLOMAT 提供了一个多动物跟踪/姿势估计界面，该接口 （1） 减少了身份交换和身体部位丢失，以及 （2） 简化了自动跟踪错误的纠正。在使用姿势估计工具（目前支持 SLEAP 和 DeepLabCut 软件包）对视频进行预处理后，DIPLOMAT 计算多动物最大概率轨迹以跟踪多动物（及其身体部位）;然后，它会提供一个直观且节省内存/时间的 Interact 界面，以便根据需要进行编辑和重新跟踪。DIPLOMAT 与其他多动物追踪包的不同之处在于，它直接在置信度图上工作，而不是运行峰值检测，从而获得更准确的跟踪结果。

三、在 Interact 接口上更正并重新运行 Viterbi 算法

Example of tracking 2 Degus in a Box跟踪 2 Degus in a Box 的示例

Example of tracking 3 Rats跟踪 3 Rats 的示例

四、Usage 用法

Running DIPLOMAT 运行 DIPLOMAT

To run DIPLOMAT on a video once it is installed, simply use DIPLOMAT's track and track_and_interact commands to track a video:
要在安装视频后对视频运行 DIPLOMAT，只需使用 DIPLOMAT track 和 track_and_interact 命令来跟踪视频：

# Run DIPLOMAT with no UI...
diplomat track -c path/to/config -v path/to/video
# Run DIPLOMAT with UI...
diplomat track_and_interact -c path/to/config -v path/to/video

Multiple videos can be tracked by passing them as a list:
可以通过将多个视频作为列表传递来跟踪它们：

diplomat track -c path/to/config -v [path/to/video1, path/to/video2, "path/to/video3"]

Once tracking is done, DIPLOMAT can create labeled videos via it's annotate subcommand:
跟踪完成后，DIPLOMAT 可以通过其 annotate 子命令创建带标签的视频：

diplomat annotate -v path/to/video -c path/to/csv

If you need to reopen the UI to make further major modifications, you can do so using the interact subcommand:
如果需要重新打开 UI 以进行进一步的主要修改，可以使用以下 interact 子命令进行：

diplomat interact -s path/to/ui_state.dipui

This displays the full UI again for making further edits. Results are saved back to the same files.
这将再次显示完整的 UI，以便进行进一步的编辑。结果将保存回相同的文件。

If you need to make minor modifications after tracking a video, you can do so using the tweak subcommand:
如果在跟踪视频后需要进行细微的修改，可以使用 tweak 子命令进行修改：

diplomat tweak -v path/to/video -c path/to/csv

This will display a stripped down version of the interactive editing UI, allowing for minor tweaks to be made to the tracks, and then saved back to the same file.
这将显示交互式编辑 UI 的精简版本，允许对轨道进行细微的调整，然后保存回同一文件。

For a list of additional ways DIPLOMAT can be used, see the documentation.
有关可以使用 DIPLOMAT 的其他方式的列表，请参阅文档。

Additional Help 其他帮助

All DIPLOMAT commands are documented via help strings. To get more information about a diplomat subcommand or command, simply run it with the -h or --help flag.
所有 DIPLOMAT 命令都通过帮助字符串记录。要获取有关 diplomat 子命令或命令的更多信息，只需使用 -h or --help 标志运行它。

# Help for all of diplomat (lists sub commands of diplomat):
diplomat --help 
# Help for the track subcommand:
diplomat track --help
# Help for the predictors subcommand space:
diplomat predictors --help

Some commands support passing frontend-specific arguments. To get frontend specific help, you can use the --help_extra flag.
某些命令支持传递特定于前端的参数。要获得特定于前端的帮助，您可以使用 flag --help_extra .

diplomat track -c /path/to/config --help_extra
diplomat track_and_interact -c /path/to/config --help_extra
diplomat track_with -c /path/to/config -p Predictor --help_extra

五、软件下载

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本文信息来源于GitHub作者地址：https://github.com/TravisWheelerLab/DIPLOMAT