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AlphaFold3 geometry.rigid_matrix_vector 模块的 Rigid3Array类表示 3D 刚体变换，用于描述 旋转 + 平移 这种常见的空间操作，在 AlphaFold3 里主要用于 蛋白质结构的旋转对齐、坐标变换、骨架参考系生成。Rigid3Array 是一个用于表示三维刚性变换（即特殊欧几里得群 SE(3) 的元素）的类。
主要组件
-
rotation: rotation_matrix.Rot3Array
3x3旋转矩阵，负责旋转对象。 -
translation: vector.Vec3Array
3D平移向量，负责平移对象。
这个类基本上在实现 特殊欧几里得群 SE(3) 里的变换操作（3D 空间的刚体运动）。
源代码：
@dataclasses.dataclass(frozen=True)
class Rigid3Array:"""Rigid Transformation, i.e. element of special euclidean group."""rotation: rotation_matrix.Rot3Arraytranslation: vector.Vec3Arraydef __matmul__(self, other: Rigid3Array) -> Rigid3Array:new_rotation = self.rotation @ other.rotation # __matmul__new_translation = self.apply_to_point(other.translation)return Rigid3Array(new_rotation, new_translation)def __getitem__(self, index) -> Rigid3Array:return Rigid3Array(self.rotation[index],self.translation[index],)def __mul__(self, other: torch.Tensor) -> Rigid3Array:return Rigid3Array(self.rotation * other,self.translation * other,)def map_tensor_fn(self, fn) -> Rigid3Array:return Rigid3Array(self.rotation.map_tensor_fn(fn),self.translation.map_tensor_fn(fn),)def inverse(self) -> Rigid3Array:"""Return Rigid3Array corresponding to inverse transform."""inv_rotation = self.rotation.inverse()inv_translation = inv_rotation.apply_to_point(-self.translation)return Rigid3Array(inv_rotation, inv_translation)def apply_to_point(self, point: vector.Vec3Array) -> vector.Vec3Array:"""Apply Rigid3Array transform to point."""return self.rotation.apply_to_point(point) + self.translationdef apply(self, point: torch.Tensor) -> torch.Tensor:return self.apply_to_point(vector.Vec3Array.from_array(point)).to_tensor()