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生物学意义

解析非加性遗传效应

特殊配合力（SCA）主要反映特定亲本组合的杂交优势，由非加性遗传效应（如显性、超显性、上位性）驱动。显性效应涉及等位基因间的显性互作，上位性效应则涉及不同位点间的基因互作。通过SCA-GWAS，可以定位调控这些非加性效应的关键基因组区域。

揭示杂交优势的遗传基础

传统GWAS通常基于加性效应（GCA），而SCA-GWAS能直接解析杂交组合特有的遗传互作模式，揭示为何某些亲本组合能产生超亲优势。

挖掘隐性遗传资源

SCA关联位点可能对应隐性有利等位基因，这些基因在纯合状态下不表现优势，但在杂合状态下通过显性效应发挥作用。

应用价值

指导杂交育种

通过SCA关联位点预测最佳杂交组合，减少田间试验成本。筛选携带高SCA等位变异的亲本，定向创制高配合力材料。

优化群体结构

基于SCA关联位点的等位变异，划分亲本杂种优势群，提高组配效率。整合SCA-GWAS结果，设计包含互补位点的亲本基因组。

解析复杂性状

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