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wgd - 简单命令行工具用于分析古代全基因组复制（WGD）
假如你对 wgd 中实现的方法感兴趣，可能还想考虑使用 Sensalari 等人的 ksrates 工具。该工具可用于仔细比较多个 Ks 分布并对其进行建模（ksrates 内部使用 wgd）。
官网
https://github.com/arzwa/wgd #github安装
wgd 是一个用于分析全基因组复制（WGD）的 Python 包和命令行界面（CLI）。已在 Linux 系统上使用 Python3 测试。如果你没有安装 Python 或 pip，可以通过运行以下命令来安装：
sudo apt-get install python3-pip
安装步骤：
克隆 GitHub 仓库并安装：
git clone https://github.com/arzwa/wgd.git cd wgd pip install --user .注意：根据你的 Python 安装和虚拟环境的不同，
pip可能默认使用pip2或pip3。如果安装失败，请尝试使用pip3代替pip。
使用命令行界面（CLI）
安装完成后，运行以下命令查看可用命令列表：
$ wgd
若要查看某个命令（例如 ksd）的使用说明：
$ wgd ksd --help
外部软件要求：
conda create -n wgd python=3.5 blast mcl muscle mafft prank paml fasttree cmake libpng mpi=1.0=mpich
conda activate wgd对于i-ADHoRe，需要先在http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/i-adhore/licensing/同意许可，才能下载i-ADHoRe-3.0
代码能力差，就会不是很好用注意事项
如果遇到问题，请确保你安装了最新版本的 PAML。为了安装最新版本，最好不要依赖 apt-get 或其他包管理器，而是从源码安装。以下是安装步骤：
wget http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml4.9j.tgz
tar -xzf paml4.9j.tgz
pushd paml4.9j/src && make -f Makefile && popd
export PATH=$PATH:$PWD/paml4.9j/src/
快速开始
wgd 的主要目的是计算全基因组和物种间直系同源基因的 Ks 分布。以下是几种常见的用法：
计算 CDS 序列的全基因组 Ks 分布：
$ wgd dmd ath.cds.fasta $ wgd ksd wgd_dmd/ath.cds.fasta.mcl ath.cds.fasta计算物种间直系同源基因的 Ks 分布：
$ wgd dmd ath.cds.fasta vvi.cds.fasta $ wgd ksd wgd_dmd/ath1000.fasta_vvi1000.fasta.rbh ath.cds.fasta vvi.cds.fasta
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Singularity 容器
wgd 提供了 Singularity 容器，可以让你在不安装所有必需软件的情况下使用 wgd 的所有工具。若要安装 Singularity，请按照此处的说明进行操作。
一旦安装了 Singularity（并且在 Windows 或 Mac 的虚拟机中运行时），你可以在本地构建容器镜像（需要 root 权限）。首先，从 wgd GitHub 仓库获取 Singularity 定义文件，然后运行构建命令：
git clone https://github.com/arzwa/wgd.git
cd wgd
sudo singularity build wgd.sif Singularity
然后可以使用 wgd，如下所示：
singularity exec wgd.sif wgd <command>
如果没有 root 权限，可以从 Singularity Hub 拉取旧版容器（但不支持 syn 和 dmd 命令）：
singularity pull --name wgd.simg shub://arzwa/wgd
注意事项
Bug 跟踪：如果程序崩溃、意外退出或出现异常结果，请在感兴趣的子命令之前使用
--verbosity debug参数重新运行（例如wgd --verbosity debug ksd gf.mcl cds.fasta）。如果问题持续存在，请在 GitHub 上报告问题。输入数据：wgd 套件已通过 PLAZA 平台的数据进行广泛测试，因此可以参考该平台的示例数据格式（特别是 CDS fasta 文件和 GFF 文件）来确保数据格式正确。一般建议不要在基因 ID 中使用管道符号（|），因为它在 wgd 中的某些部分具有特殊含义。
虚拟环境：你可以在虚拟环境中安装 wgd（使用
virtualenv）。如果遇到运行可执行文件时的问题（例如wgd --help无效），可以直接调用 CLI，使用python3 ./wgd_cli.py --help（假设你在克隆 wgd 的目录中）。
参考文献
Chen, H., & Zwaenepoel, A. (2023). Inference of Ancient Polyploidy from Genomic Data. In Polyploidy: Methods and Protocols (pp. 3-18). New York, NY: Springer US.