当前位置: 首页 > news >正文

DeePMD深度势教程6:Abacus STRU文件转换方法

大家好,我是小马老师。

本文是深度势DeePMD专栏的第6篇教程:Abacus结构文件STRU的转换方法。

DeePMD深度势训练需要提前准备数据集,训练数据集的生成有两种方式:使用DP-GEN Init_bulk命令或者使用第一性原理(Abacus、cp2k等)计算。

Abacus计算和lammps模拟类似,需要先有结构文件STRU,STRU文件包含了原子类型、mass、赝势和轨道文件名称以及原子坐标信息。

如果对STRU结构文件比较熟悉,可以手动编写STRU文件。

当然,最简单的方法还是用软件把cif文件转换为STRU文件,所用到的软件为ase。

下面以CaO为例,演示使用ase软件把cif文件转换为STRU的方法。

(1)安装ase软件

git clone https://gitlab.com/1041176461/ase-abacus.git
cd ase-abacus
python3 setup.py install

&

相关文章:

  • java如何读取文件一条一条处理,快速把下划线变量变为驼峰变量
  • 栈回溯方案
  • 使用DeepSeek+本地知识库,尝试从0到1搭建高度定制化工作流(自动化篇)
  • Pytorch实现论文之利用多生成器来预防模式崩溃
  • 解决“区间内查询数字的频率”问题
  • I2C、SPI、UART
  • java项目打包成docker镜像步骤
  • Node.js 的 http 模块
  • 前端监控的具体实现细节
  • 代码补全『三重奏』:EverEdit如何用上下文识别+语法感知+智能片段重构你的编码效率!
  • SAP 归档 生产订单的序列号查询
  • Word Embeddings
  • 51单片机入门_10_数码管动态显示(数字的使用;简单动态显示;指定值的数码管动态显示)
  • Python - 爬虫利器 - BeautifulSoup4常用 API
  • 【故障处理】- xtts增量恢复报ORA-19611
  • Django REST Framework (DRF) 中用于构建 API 视图类解析
  • vue2-this.$set确保数据响应性的实例方法
  • CCF-CSP第31次认证第二题——坐标变换(其二)【NA!前缀和思想的细节,输出为0的常见原因】
  • 大模型 + cursor应用案例
  • 文件fd
  • 影子调查丨三名“淘金客”殒命雪峰山:千余废弃金矿洞的监管难题
  • 大外交|中美联合声明拉升全球股市,专家:中美相向而行为世界提供确定性
  • 城事 | 重庆新增热门打卡地标,首座熊猫主题轨交站亮相
  • 老镇老宅楼:破旧,没产证,要不要更新?
  • 均价19.5万元/平米!上海徐汇滨江地王项目“日光”,销售额近70亿元
  • 匈牙利史专家阚思静逝世,享年87岁