DeePMD深度势教程6:Abacus STRU文件转换方法
大家好,我是小马老师。
本文是深度势DeePMD专栏的第6篇教程:Abacus结构文件STRU的转换方法。
DeePMD深度势训练需要提前准备数据集,训练数据集的生成有两种方式:使用DP-GEN Init_bulk命令或者使用第一性原理(Abacus、cp2k等)计算。
Abacus计算和lammps模拟类似,需要先有结构文件STRU,STRU文件包含了原子类型、mass、赝势和轨道文件名称以及原子坐标信息。
如果对STRU结构文件比较熟悉,可以手动编写STRU文件。
当然,最简单的方法还是用软件把cif文件转换为STRU文件,所用到的软件为ase。
下面以CaO为例,演示使用ase软件把cif文件转换为STRU的方法。
(1)安装ase软件
git clone https://gitlab.com/1041176461/ase-abacus.git
cd ase-abacus
python3 setup.py install
&