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【数据分析】RNA-seq 数据分析:差异表达、火山图与功能富集分析

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文章目录

    • 介绍
      • DESeq2分析
      • 火山图绘制
      • clusterProfiler功能分析
    • 加载R包
    • 数据下载
    • 导入数据
    • 数据预处理
    • DESeq2
    • EnhancedVolcano
    • clusterProfiler功能分析
    • 总结
    • 系统信息

介绍

RNA-seq 是一种基于高通量测序技术的基因表达分析方法,能够全面、准确地定量转录组中的基因表达水平。差异表达分析是 RNA-seq 数据分析的关键步骤,通过比较不同实验条件下的基因表达量,识别出显著差异表达的基因,从而揭示基因表达的调控机制。火山图是一种直观展示差异表达基因的图表,以基因的对数倍变化值和调整后的 p 值为坐标轴,清晰地呈现基因的表达变化趋势和显著性。功能富集分析则是对差异表达基因进行生物学功能注释和分类,通过富集分析确定这些基因所参与的生物学过程、分子功能和细胞组分,为理解基因表达变化的生物学意义提供重要依据。

DESeq2分析

DESeq2是一个用于分析RNA-seq数据的R包,它通过比较不同条件下的基因表达量来识别差异表达基因。在上述代码中,首先通过DESeqDataSetFromHTSeqCount函数创建了一个DESeq2数据集对象dds,输入了样本信息表sampleTable</

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