Snakemake 中 glob_wildcards() 使用注意事项总结

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Snakemake 中 glob_wildcards() 使用注意事项总结 🚀

在 Snakemake 中，经常使用 glob_wildcards() 来自动提取通配符 (wildcard) 匹配的文件名参数。

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1️⃣ 基本用法

from snakemake.io import glob_wildcardsgw = glob_wildcards("raw/{A_B}/Technical_replicate_{REP}/{ID}.gz", followlinks=True)print("A_B =", gw.A_B)
print("REP =", gw.REP)
print("ID =", gw.ID)

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2️⃣ 不能使用 *

⚠️ 大坑提醒：

• glob_wildcards() 里面不能使用 * 通配符
• 必须使用 {wildcard} 形式，写成 {{WILDCARD}}（在 f-string 里）

例如：

✅ 正确：

glob_wildcards("raw/{A_B}/Technical_replicate_{REP}/{ID}.gz")

❌ 错误（不要用 *）：

glob_wildcards("raw/*/Technical_replicate_*/.gz")

为什么？

👉 glob_wildcards() 是 Snakemake 专门的 wildcard 解析函数，它是靠 {} 来绑定 wildcard 名字的，
如果用 *，Snakemake 根本不知道要解析成什么 wildcard。

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3️⃣ f-string 中 {} 要写成 {{}}

如果在 f-string 里拼接路径，注意：

• f-string 自身用 {} 做变量
• 要嵌套 Snakemake 的 {WILDCARD}，需要写成 {{WILDCARD}}

示例 ✅：

gw = glob_wildcards(f"{config['raw']}/{{A_B}}/Technical_replicate_{{REP}}/{{ID}}.gz", followlinks=True)

• 外层 f"..." 是 Python f-string
• {{RBP_CELL}} 里面的 {{ → 输出 {
• Snakemake 看到 raw/{RBP_CELL}/... 才会正确解析 wildcard！

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4️⃣ expand() 时要用 gw.A_B

glob_wildcards() 返回的是一个 named tuple，例如：

gw.A_B
gw.REP
gw.ID

⚠️ 不要写 A_B=A_B，否则会 NameError！

✅ 正确写法：

rule all:input:expand("processed_bf/{A_B}/C.bed", A_B=gw.A_B)

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5️⃣ 完整示例 ✅

# 提取 wildcard
gw = glob_wildcards(f"{config['raw']}/{{A_B}}/Technical_replicate_{{REP}}/{{ID}}.gz", followlinks=True)print("A_B =", gw.A_B)
print("REP =", gw.REP)
print("ID =", gw.ID)# 定义 all 规则
rule all:input:expand("processed_bf/{A_B}/C.bed", A_B=gw.A_B)

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总结 🌟

正确用法	错误用法
使用 {WILDCARD}	使用 * 通配符
f-string 中用 {{WILDCARD}}	直接用 {WILDCARD}
expand 里用 gw.A_B	用未定义变量 A_B

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6️⃣ 参考

• Snakemake Docs - Wildcards
• Snakemake Docs - glob_wildcards

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