单细胞数据格式转换：rds 与 h5ad互转

2. RDS 转 H5AD

将 RDS 格式的单细胞数据转换为 H5AD 格式。

步骤

1. 加载必要的 R 包：

   library(Seurat)
   library(SeuratDisk)
   

2. 读取 RDS 文件：

   rds <- readRDS("test.rds")
   

3. 保存为 .h5Seurat 格式：

   SaveH5Seurat(rds, filename = "test.h5seurat")
   

4. 转换为 .h5ad 格式：

   Convert("test.h5seurat", dest = "h5ad")
   

结果

生成 test.h5seurat 和 test.h5ad 两个文件。

3. H5AD 转 RDS

将 H5AD 格式的单细胞数据转换为 RDS 格式。

步骤

1. 加载必要的 R 包：

   library(sceasy)
   library(reticulate)
   

2. 指定 Conda 环境：

   • 确保 Python 环境中安装了 anndata 包：

     conda install -c bioconda anndata
     

   • 在 R 中指定 Conda 环境：

     use_condaenv("scRNA")
     

3. 转换格式：

   sceasy::convertFormat("test.h5ad", from = "anndata", to = "seurat", outFile = 'test.rds')
   

结果

生成 test.rds 文件。

4. 注意事项

• 依赖包安装：

  • 确保 Seurat、SeuratDisk、sceasy 和 reticulate 包已经正确安装。
  • 确保 Python 环境中安装了 anndata 包。

• Conda 环境：

  • 如果你在使用 Conda 环境，确保在 R 中正确指定了 Conda 环境。
  • 如果遇到问题，可以尝试在终端中激活 Conda 环境后运行 R 脚本。

• 文件路径：

  • 确保输入文件的路径正确，如果文件不在当前工作目录中，需要提供绝对路径。

• 错误处理：

  • 如果在转换过程中遇到错误，建议检查 R 和 Python 环境的配置是否正确。
  • 查看错误信息，根据提示解决问题。例如，如果提示找不到 anndata，则需要确保 anndata 已正确安装。