【科研绘图系列】R语言绘制生存曲线图（KW plot）

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介绍

这段代码是一个用于分析基因增益和缺失对生存时间影响的R脚本。它主要利用了survival和survminer等R包，以及一些基础的R函数，对特定的数据文件进行生存分析，并生成相应的生存曲线图和p值结果。

数据读取与处理

代码首先读取了名为Gain_driven.csv和Loss_driven.csv的数据文件，这些文件可能包含了患者的基因增益和缺失信息，以及相关的生存时间数据。数据文件的前几列可能包含了患者的生存时间、生存状态、是否接受利妥昔单抗治疗等基本信息，而从第7列开始则可能包含了不同基因的增益或缺失状态。

在处理数据时，代码首先筛选出了接受利妥昔单抗治疗的患者（RITUXIMAB_ADMINISTERED_PRIMARY_REGIMEN_YES_1_NO_0 == 1），然后根据基因的增益或缺失状态将患者分为两组（“Gain”或“Loss”组，以及“Other”组）。对于基因增益，如果基因状态大于0，则归为“Gain”组；对于基因缺失，如果基因状态小于0，则归为“Loss”组。

生存分析与图形绘制

生存分析是通过survfit()函数完成的，它根据基因的增益或缺失状态对患者的生存时间进行分析。surv_pvalue()函数用于计算生存曲线之间的p值，以评估不同组之间的生存差异是否具有统计学意义。

图形绘制方面，ggsurvplo